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如何将fasta格式的序列多行变一行

时间:2020-4-20 06:55 点击:396次
通常我们下载的fasta文件中一个基因所对应的序列都是多行的,如何把多行变一行,下边介绍具体操作步骤。

通常我们下载的fasta文件中一个基因所对应的序列都是多行的,如何把多行变一行,下边介绍具体操作步骤。

使用EmEditor进行操作,打开fasta文件,在筛选框中输入”>“。

将光标放在任意行末尾,右击选择”垂直选择“

输入任意字符,以”XXXX“为例。

然后删除筛选框中的”>“。

点击放大镜,或者使用快捷键Ctrl+F,选择“替换”,查找”\n“,替换为空着,勾选”正则表达式“,光标放在文档任意位置,Ctrl+A全选,回车。

然后Ctrl+F替换,将”>“替换成”\n“,回车替换全部。

然后Ctrl+F替换,将”XXXX“替换成”\t“,回车替换全部。

然后将光标放在基因ID前,右击选择“垂直选择”,输入”>“。

然后将光标放在序列第一个碱基前,同样右击选择”垂直选择“,然后回车。

具体操作步骤见另一篇经验”如何将Excel中的序列转换成FASTA格式“


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