闻起来臭是因为豆制品经过长时间的发酵，会产生硫化氢和甲胺、色胺等物质，这些东西的挥发性很强，并带有一股特殊气味。吃起来香是因为豆类所含的蛋白质在微生物作用下，水解成含有鲜味的多肽和氨基酸。
“闻着臭，吃着香”作为中国最具特色的“传统小吃”，臭豆腐不仅因为独特的口感家喻户晓，更是和各地美食相互融合，深深地烙印上了地方特色。
臭豆腐之所以“闻起来臭”，是因为组成豆类蛋白质的氨基酸中，有一些含硫的氨基酸及色氨酸等较为特殊的氨基酸，这些氨基酸在微生物的作用下转化成了含硫化物和甲胺、色胺等物质，这些东西的挥发性很强，并带有一股特殊的气味。
臭豆腐“吃起来香”的原因，也和微生物作用有关。豆类所含的蛋白质，在微生物(霉菌或乳酸菌)的作用下，水解成更容易被消化的多肽和氨基酸，例如谷氨酸，它是味精和鸡精的主要成分之一，这就使得发酵以后的臭豆腐味道吃着香。
此外，臭豆腐经过后期的油炸，在高温下挥发掉部分臭味小分子物质，并且氨基酸与糖类会发生美拉德反应，臭味减轻了，香味得到了进一步提升，这也是为什么臭豆腐经常用“油炸”方式食用的原因了。
具体到制作工艺上，臭豆腐可以分为“发酵臭豆腐”和“非发酵臭豆腐”两种，正宗的臭豆腐，像著名的王致和臭豆腐都是发酵臭豆腐，加工制作比较复杂。非发酵臭豆腐，是用臭卤水浸泡而成，臭卤水一般用苋菜作为发酵原料短期发酵，让臭卤水中的细菌、霉菌等分解豆腐中的蛋白质，使豆腐组织松弛，散发臭味。
无论是发酵臭豆腐，还是非发酵臭豆腐，变臭的根本原因都是豆腐中的蛋白质被分解了从而产生臭气，这与普通食品因为放置不当变质而产生酸臭味道的原理是一样的。食品保存不当产生酸臭，是食品中微生物生长繁殖以后，破坏食品当中蛋白质，产生有机胺、氨气、硫醉和粪奥素等所致。区别在于臭豆腐是人为控制的，且用于分解的细菌无害，处理不当而变质的食品对人体有害。
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